法律分析：起诉离婚时，两个孩子的抚养权一般会一边一个，分别判给父母两方。首先看两个孩子年龄，未满两周岁的子女一般抚养权判给母亲，已满两周岁的子女，会根据父母双方的具体情况作出最有利于未成年子女的抚养权判决，如果孩子已满八周岁，还应该尊重其真实意愿作出判决。当发生抚养权变更事项时，还可以变更抚养权。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。